全世界的に魔力を宿した女性『魔女』の存在が確認されてから、はや幾年月。
『魔法』はすっかり日常生活に溶け込み、「魔法は女性だけのもの」というのは世界の常識になっている。
しかし、その常識を覆す一人の少年がついに確認される――
その少年『東雲蒼』は「世界でただ一人の魔力を宿した男性」というセンセーショナルな肩書きを引っさげ、
魔女たちの学園『国立御久仁学園』に入学することに。
日本国内の生徒たちが集う『東学舎塔』を束ねる『東学舎塔生徒会』。
海外からの留学生たちが集う『西学舎塔』を束ねる『西学舎塔生徒会』。
2つの塔と2つの生徒会が存在する、ちょっと変わったこの学園。
学園でただ一人の男として最初はドキドキ・ビクビクしていた蒼の不安もすぐに解け、前向きに楽しく明るく学園生活をスタート――
させた側から、あれよあれよと蒼はできたばかりの友達たちと一緒に、東塔生徒会にほぼ強制で参加させられ、
生徒会監査会――通称『魔法生徒会大戦』に挑むことに。
東塔・西塔の両生徒会がそれぞれの塔を代表して、様々な競技を通じてしのぎを削るこの催しは、塔の威信を賭けたもの。
負けは許されないこの戦いに臨む蒼には、ある不安が――
「『魔法』生徒会大戦と言われても、俺は魔法を使えないんだけど……」
蒼の魔力はごく微量なもの、しかも属性を持たない無色の魔力。
魔女たちのように魔力を魔法として行使することができない、超特異体質な普通の男子生徒にすぎない。
不安と期待に満ちあふれた魔法少女たちとの学園生活は、ドキドキワクワクに彩られた百花繚乱恋模様。