その3日間は、永久（とわ）より長く、刹那（せつな）より短い――
虹陵館学園に通う主人公・石動直斗は、幼なじみの友人たちにも隠している秘密があった。
それは、‘物や人の記憶を読み取り、書き込むことができる’ 特殊能力。
悪用できそうな力ではあったが、面倒を嫌う直斗は濫用することなく隠しながら日々を過ごしていた。
だが七夕を目前にしたある日、直斗の周囲で不穏な出来事が頻発しはじめる。
惨殺死体となって発見される美少女、 一般市民を巻き込む大規模な爆破テロ、 行方不明になる幼なじみ。
次々起きる事件に困惑する直斗だったが、目の前に自分の命を狙う少女が現れるに至り、この街で特殊能力者同士の殺し合いが行われていたことを知る。
殺されかけ逃げ出す直斗だったが、深夜0時を回った瞬間―― 眼前が光に包まれた。
やがて意識を取り戻した彼が居たのは、3日前の朝 だった……！
危機に瀕して新たな能力に目覚めたのだと考えた直斗は、この街を舞台にした ‘デスゲーム’ の謎に立ち向かうことを決意する。